根据政协章程规定，南京市雨花台区政协设常务委员会主持会务，常务委员会由主席、副主席、秘书长和常务委员组成，其成员由参加政协的各党派、团体、各民族和各界代表人士协商提名，经全体会议选举产生。每届政协委员会的参加单位、委员名额和人选，由上届常务委员会协商并决定，每届任期五年。
按照政协章程规定，南京市雨花台区政协内设有6个专门委员会，1个办公室，8个街道（园区）政协工作委员会(片组)，8个界别组。
专门委员会是在常务委员会和主席会议领导下的工作机构。各专门委员会设主任1人，副主任、委员若干人。6个专门委员会分别是：委员工作委员会、提案委员会、人口资源环境和城市建设委员会、经济科技委员会、教卫文体和文史委员会、社会法制和民族宗教委员会。
政协工作委员会（片组）是区政协在街道（园区）的派出机构。8个街道（园区）政协工作委员会（片组）分别是雨花街道政协工作委员会、赛虹桥街道政协工作委员会、铁心桥街道政协工作委员会、板桥街道政协工作委员会、西善桥街道政协工作委员会、梅山街道政协工作委员会、开发区政协工作委员会、板桥新城政协片组。
界别组是委员发挥主体作用的一个平台，是政协工作的一个重要层次，是专委会联系政协委员的桥梁和纽带。８个界别组分别是：经济组、城建组、科技组、教育组、医卫组、文化组、工青妇组、社会事务组。
办公室设4个科室：秘书科、提案科、综合科、信息科。