根据政协章程规定，南京市雨花台区政协的主要职能是政治协商、民主监督、参政议政。

　　政治协商是对国家和雨花台区的大政方针以及政治、经济、文化和社会生活中的重要问题在决策之前进行协商和就决策执行过程中的重要问题进行协商。政治协商的主要形式是政协举行的各种协商会议，其中包括：政协委员会全体会议、常务委员会会议、主席会议、常务委员专题座谈会、各专门委员会会议，根据需要召开的各党派、无党派爱国人士、人民团体、少数民族人士和各界爱国人士的代表参加的协商座谈会等，以及政协负责人或委员应邀列席区委召开的常委会、全委会或人大常委会举行的人民代表大会、有关常务委员会，区政府举行的部署工作、研究重大问题的常务会议和全体会议，听取有关情况，直接参与协商讨论。此外，还通过举办情况通报会、议政会、听取意见座谈会等进行协商活动。

　　民主监督是对国家宪法、法律和地方法规的实施，重大方针政策的贯彻执行、国家机关及其工作人员的工作，通过建议和批评进行监督。民主监督的主要形式是通过政协委员会全体会议向区委、区政府提出的意见、建议；通过常务委员会、主席会议向区委、区政府提出的建议案；各专门委员会、政协工作委员会（片组）、界别组提出的建议或有关视察、考察报告；参加区委、区政府有关部门组织的调查和检查活动。

　　参政议政是政治协商和民主监督的拓展与延伸。其内容除政治协商、民主监督规定的内容外，还包括选择人民群众关心、党政部门重视、政协有条件做的课题，组织调查和研究，积极主动地向党政领导机关提出建设性的意见；通过多种方式，广开言路、广开才路，充分发挥委员专长和作用，为改革开放和社会主义现代化建设献计献策；广泛参与经济、政治、文化和社会活动，对一些共同关心的事项开展评议等等。